馬德里商標注冊的流程與國內(nèi)商標注冊的流程有較大的區(qū)別。馬德里商標注冊根據(jù)相關馬德里協(xié)定或議定書，必須在國內(nèi)取得受理通知書或者注冊證，否則就無法提交馬德里注冊申請。因此，國內(nèi)商標的申請或注冊時馬德里注冊的前提條件，否則就只能通過單一國家進行國際商標注冊。

1、國內(nèi)商標注冊申請
由于在進行馬德里國際注冊時，如指定國家為馬德里純協(xié)定書成員國，則要求在原屬國（中國）必須取得注冊證書或初步公告；如指定國家為馬德里議定書或既是協(xié)定又是議定成員國，則要求在原屬國（中國）只須取得受理通知書。
因此，要通過馬德里進行商標的國際注冊，申請人的商標必須是已經(jīng)在其原屬國（即本國）獲得注冊的商標或則已獲得受理通知的商標。

2、馬德里國際申請
商標代理委托書、國際注冊申請書、外文國際注冊申請書、國內(nèi)商標注冊證復印件或受理通知書復印件、商標圖樣。
商標國際注冊的申請日期，以商標局收到申請書件的日期為準。申請手續(xù)齊備并按照規(guī)定填寫申請書件的，編定申請?zhí)?，商標局在三十天?nèi)將申請書件（英文或法文）寄國際局。

3、國際局審查
世界知識產(chǎn)權組織（WIPO）國際局收到了國際注冊申請后，核實文書，認為手續(xù)齊備，商品和服務類別及名稱填寫正確的，即予以注冊；認為手續(xù)不齊備的，將暫緩注冊，并通知商標局。商標局在收到國際局通知之日起15天內(nèi)通知申請人或代理人齊備手續(xù)；經(jīng)審查符合國際局的要求，并在已經(jīng)或者即將把該申請?zhí)峤唤o各指定國進行審查之后會頒發(fā)商標國際注冊證明，時間一般6個月左右。
該國際商標注冊證明，不是商標被核準注冊的證明；其意義在于，該國際注冊號和國際注冊日是其后申請人進行商標的后期指定、變更、轉(zhuǎn)讓、續(xù)展等一系列活動的基礎。

4、后期指定
商標國際注冊申請時指定的各保護國家，將根據(jù)各自的國家法律決定是否予以保護，并需向國際局聲明該駁回。協(xié)定書規(guī)定，聲明駁回的時限最多為一年，也就是說，如果指定保護申請在一年時限內(nèi)未遭到駁回，則該申請自動得到保護（按議定書的規(guī)定，成員國可根據(jù)需要，將有權駁回時限延長至18個月）。從國際注冊日起算，如果12個月內(nèi)沒有收到協(xié)定國或者18個月內(nèi)沒有收到議定書國發(fā)來的拒絕給予商標保護的駁回通知書，即表示該商標已在該協(xié)定國或議定國自動得到了保護。